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CLAVINNOV

Innovation pour la détection et la protection raisonnée contre le chancre bactérien de la tomate

Mots clés

Tomate, Clavibacter michiganensis, bactérie, chancre, détection, biocontrôle, outil innovant, biotechnologie, inoculum, prévention

Contexte et enjeux

Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Cmm) est l’agent responsable du chancre bactérien sur tomate. Les épidémies dues à cette bactérie, imprévisibles et sporadiques, entraînent des dépérissements de plantes sur des zones plus ou moins étendues. Il n’existe pas de moyen de protection contre Cmm en culture et seules des mesures de prophylaxie, très contraignantes, permettent de contenir partiellement les foyers déclarés. La détection de Cmm ne se fait qu’à l’apparition de symptômes de flétrissements qui marquent un stade déjà avancé de la contamination. Un diagnostic précoce et fiable permettrait d’orienter rapidement le producteur vers la mise en œuvre des méthodes de prophylaxie. L’ambition de ce projet est d’élaborer un outil biotechnologique innovant à partir de la combinaison de plusieurs techniques moléculaires existantes et d’en assurer le transfert au terrain afin de permettre la détection simple et rapide de Cmm et de limiter ainsi les conséquences technico-économiques négatives de ce bioagresseur.

Description

Le projet se découpe en différentes phases :

Elaboration d’un nouvel outil de détection du Cmm au sein des laboratoires de l’INRA, via la combinaison de techniques moléculaires récentes utilisant l’amplification isothermique de l’ADN.
Transfert de l’outil au terrain : Elaboration de la méthode d’analyse en conditions de production : choix des organes végétaux à prélever, taille des échantillons, conditions de validité du test… Des analyses sur plantes avec ou sans symptômes permettront de définir le potentiel de détection plus ou moins précoce du test.
Identification des sources de contamination dans une serre, en analysant des supports variés : substrats, débris végétaux, eau d’irrigation…
Evaluation de l’efficacité des traitements de prévention et de biocontrôle grâce à des prélèvements réguliers dans des serres fréquemment touchées par Cmm.

Résultats attendus

Mise au point et optimisation d’un outil de détection de Cmm simple, efficace, rapide et adapté aux conditions de terrain
Renforcement de l’efficacité des stratégies de protection intégrée en cultures de tomates
- identification et réduction des sources d’inoculum primaire
- détection et élimination précoce des foyers d’infection
- identification de méthodes de prévention et de biocontrôle efficaces.

La mise en place de mesures prophylactiques, suite à une détection précoce, permettra de limiter les pertes de rendement dues à la maladie du chancre bactérien, de limiter les investissements de décontamination et donc de renforcer la performance économique des systèmes de production de tomates.